哈尔滨工业大学土木工程学院的历史可以追溯到1920年创立的哈尔滨中俄工业学校铁道建筑科，是哈尔滨工业大学建校伊始的两个专业之一。1950年成立新中国最早的工业与民用建筑专业，1952年起招收导师制研究生和研究生班，1986年获得博士学位授予权，拥有土木工程和力学两个一级学科博士后流动站，1998年是全国首批土木工程一级学科博士学位授权单位，2000年获准设立“国家级高层次人才”特聘教授岗位。1995年土木工程专业以优异成绩首批通过国家专业认证评估，2000年和2005年分别以优异成绩通过5年一次的国家专业复评，2021年土木工程专业通过工程教育认证。工程管理专业1999年以优异的成绩首批通过国家专业评估，以后均已优异成绩通过专业复评。2001年和2007年结构工程学科、防灾减灾及防护工程学科获批国家二级重点学科，2007年土木工程获批国家一级重点学科；2002年工程力学被评为国防重点学科。土木工程学科和力学学科在教育部历次学科评估中均名列前茅：第一轮和第二轮学科评估土木工程和力学均位列第三，第三轮学科评估土木工程位列第二、力学并列第一，第四轮学科评估土木工程和力学均位列A档。2017年，土木工程学科和力学学科均入选“双一流学科”建设名单。土木工程学科在US NEWS 2025排名中位列全球第18位，ARWU 2025软科世界一流学科中位列全球第7位，QS 2025排名中位列全球第37位。
土木工程学院设有土木工程、城市地下空间工程、工程管理和智能建造四个本科专业。土木工程专业下设建筑工程和土木工程材料两个专业方向和一个土木工程精英班（按4+2目标培养）以及留学生班。土木工程专业、工程管理专业和城市地下空间工程专业均入选国家一流本科专业建设点。
在研究生培养方面，学院可授予土木工程和力学工学硕士/博士学位，以及土木水利领域工程硕士/博士学位。所拥有的二级学科方向包括：结构工程、防灾减灾工程及防护工程、岩土工程、桥梁与隧道工程、土木工程材料、土木工程建造与管理、工程力学、固体力学，以及智慧城市交叉方向。学院还招收土木工程同等学力研究生和土木水利领域非全日制工程博士研究生。
土木工程学院现有教职工183人，其中专任教师109人，教授69人，副教授41人，已形成一支知识和年龄结构合理的教师队伍。拥有中国工程院院士王光远、沈世钊、谢礼立、欧进萍，中国科学院院士李惠，国家教学名师王焕定，以及杰青/国家级高层次人才/国家名师等国家级高端人才30余人次，国家自然科学基金创新群体、国家级教学团队等高层次科研教学团队6个。
土木工程学院拥有“寒区低碳建筑技术开发与利用”国家地方联合工程研究中心，以及“结构工程灾变与控制”教育部重点实验室、“土木工程智能防灾减灾”工信部重点实验室、“工程诊治与更新”住建部重点实验室等10个省部级重点实验室，中国-东盟科学与技术研究院土木工程分中心等3个国际合作平台，和“土建工程”国家级实验教学示范中心等4个国家级教育教学平台。
在人才培养方面，学院一直以培养“国际一流土木工程精英人才”为目标，坚持“规格严格、功夫到家”育人理念，坚持“大师引领”，将科研优势转化为教学资源。建设了《结构力学》、《土木工程导论》、《钢结构》、《组合结构》等10余门国家级课程，编著出版有重要影响高水平教材50余本。累计培养毕业生35000余人。培养了以王光远、沈世钊等7位两院院士和20余位国家级高层次人才/国家杰青为代表的一大批学界精英，以中国建筑业协会会长齐骥、中国建筑学会会长修龙为代表的一大批行业领军人才，以文化部原部长刘忠德、甘肃原省委书记阎海旺、住建部部长倪虹为代表的一大批治国栋梁。
在科学研究方面，瞄准世界科技前沿和中国建造重大需求，重点发展高性能与低碳结构工程、城市工程抗灾韧性与多灾害防御、寒区城乡基础设施建设、智能土木工程、海洋土木工程5个优势特色方向；构建了“大师+团队”的协同创新模式，形成了前沿基础研究、重大工程创新和高端人才培养三位一体的学科体系。代表性研究成果包括：首创以“工程全系统全寿命优化理论”为核心的新一代工程设计理论；创立了钢管混凝土统一理论，形成了完整的钢管混凝土与组合结构设计理论体系；系统构建大跨空间结构设计理论体系，创造性提出世界最大500米口径球面射电望远镜（FAST）的主动反射面可变位索网体系；提出“基于性态的抗震设计理论”体系，支撑了上千项重大、复杂工程的抗震设计；引领了结构健康监测与振动控制的学科发展方向，并在广州电视塔和2008奥运会“水立方”项目中得到成功应用；提出了一种具有超隔热性能的双负陶瓷气凝胶材料，为解决困扰陶瓷类超隔热材料近一个世纪的脆性问题提供了新思路和有效途径，“成果先后发表于国际著名期刊《Science》、《Nature》”。先后获得国家三大科技奖20余项，其中2013-2018年连续6年牵头获得国家级科技奖励。
土木工程学院与国际知名大学建立了广泛的合作关系，已与美、英、日、俄、法、德、瑞士等十多个国家和地区的著名大学签署了人才培养与科研合作协议。从2012年起招收土木工程专业国际留学生班，形成了本、硕、博全英文授课体系。2011年，与美国加州大学圣地亚哥分校共建HIT-UCSD海外学术合作基地。2016年，与俄罗斯远东联邦大学合作建立的“中俄极地工程研究中心”。2017年，牵头成立“中国-东盟科学技术研究院土木工程分中心”。
土木工程学院正朝着建设国际一流土木工程学院和国际一流学科的宏伟目标跨越发展。